主人公である14歳の少年「碇シンジ」は、「幼少時のトラウマ」と「父親との疎遠な関係」から、他人と接触を好まない内向的な少年であるが、NERVの司令である父親によって、EVA初号機のパイロットとして選任される。碇シンジをはじめとする EVA のパイロットたちは、世界の命運を託され、命をかけて戦うという閉鎖的な極限状態に置かれることとなり、追い込まれ傷つき病んでいく。
セカンドインパクトの真相、襲来する使徒の正体、そして秘密裏に進められる「人類補完計画」の全貌。多くの謎がちりばめられ、主人公であるシンジの挫折と成長を追いながら物語は進んでいく。